国民栄養調査は、第二次世界大戦後の昭和20年に、各国から食料援助を受けるのに必要な基礎データを得るために、連合軍最高司令部（ＧＨＱ）の指令に基づいて実施されたのが始まりです。昭和27年には栄養改善法が制定され、法律に基づく調査として、国民の健康状態や栄養素摂取量を把握する役割を担うようになりました。その後、高度経済成長時代に、国民の食生活は様変わりし、栄養素摂取不足の問題から、生活習慣病との関連で過剰摂取や栄養素摂取の偏りがより大きな問題として認識されるようになりました。そこで、様々な項目（各種血液検査、飲酒、喫煙、運動習慣など）が追加され、国民の健康状態や生活習慣を把握し、国における健康増進対策や生活習慣病対策に不可欠な調査となっていいます。
また、平成12年に厚生労働省が発表した２１世紀の新たな健康づくり施策である「健康日本２１」計画においては、国民の健康や生活習慣の実態をモニタリングするための調査として、その重要度は益々高まってきています。